はい、変更はいつでも可能です。
以下の手順でご変更いただけます。

1. 「サーバーNavi」へログイン
2. 「ご利用サービス確認」をクリック
3. プラン名(「MakeShopビジネス」など)をクリック
4. 「ショップURL変更」をクリック

あわせて オンラインマニュアル もご参照ください。

※http://お好きな文字列.my-store.jp の「お好きな文字列」の変更はできません。
※共用サーバー GSオプションのMakeShopをご利用の場合には、ショップURLを変更することはできません。