【シングル】.htaccessファイルは設置できますか?

設置可能です。
なお、ファイルの記述方法や設置方法について個別のサポートは行っておりません。

また、.htaccessを設置するとCGIが利用できなくなる可能性がございます。
.htaccessファイルがCGIのアクセス制限を行なってしまうことが原因と考えられます。

シングルサービスでは、CGIを動作させるために、.htaccessファイルを設置する必要はありません。
CGIプログラムによっては.htaccessファイルの影響で動作しなくなることがありますので、ご注意ください。