以下のような違いがあります。
DNS管理サービスDNSレコードの設定(最大200レコードまで)
・ゾーン情報のインポート/エクスポート
・セカンダリDNS(Slave)の設定
・管理ドメインのホスト登録
DNS追加オプション
1ドメインにつき月額110円(税込)
無料機能に加え以下が利用可能となります。
・ゾーン情報のテンプレート化
DNSSEC(外部ドメインでは利用不可)
・セカンダリDNS(Master)の設定
・オリジンNSレコードの設定(外部ドメインでは利用不可)
・URL転送Plus(外部ドメインでは利用不可)
・メール転送Plus(外部ドメインでは利用不可)

・お名前.comにてご契約のドメインでDNS追加オプションを申し込みする場合は
 DNS管理サービスに加えてDNS追加オプションの機能をご利用いただけます。

・外部ドメイン(※)に対してDNS追加オプションを申し込みする場合は
 申し込みしたお名前IDの管理画面上で、DNS管理サービスとDNS追加オプションの一部機能をご利用いただけます。
 ※外部ドメイン・・・お名前.com以外のドメイン管理会社で管理されているドメイン
  もしくは、お名前.com内の当該お名前ID以外で管理されているドメインを指します。

具体的なお申込方法はこちらをご参照ください。